次世代シークエンサーの貸与とゲノム解析について

次世代シークエンサーの無償貸与を受けました！

静岡市環境保健研究所では、令和3年4月に国から「次世代シークエンサー（ナノポアMK1c）」という機器の無償貸与を受け、リモートによる研修を受講後、令和3年5月から次世代シークエンサーを用いた新型コロナウイルスの「全ゲノム解析」を実施しています。

「全ゲノム解析」を行うことにより、新型コロナウイルスの変異株の系統（アルファ株・デルタ株）の確定を行うことが可能になります。これまでは、変異株の可能性があった検体について国立感染症研究所に送付し、解析を依頼していました。このため、送付に手間や時間が掛かっていましたが、当所で解析を行うことが可能となり、迅速な解析が可能となりました。

実際の解析では、無償貸与を受けた次世代シークエンサーで「生データ」を取得後、そのデータを国立感染症研究所のサーバーにアップロードをすることで解析してもらい（1時間程度）、アルファ株・デルタ株等の判定をしてもらいます。

国立感染症研究所では、全国の衛生研究所からデータがアップロードされるため、解析データが蓄積し、全国規模でのデータ解析などが可能となっています。また、国立感染症研究所で解析を受けた全ゲノム解析結果（ゲノム配列）は、データの精査後、GISAIDという全世界共通のデータベースに登録され、研究活用が可能となっています。

貸与を受けた次世代シークエンサーでは、検体数にもよりますが2日程度で生データを取得可能です。データの解析はサーバーの混雑具合にもよりますが、概ね1時間程度で可能なため、最短2日程度で変異株の解析が可能となっています。これまでは検体の送付までに1～2日かかっていたため、非常に迅速な解析が出来ています。

新型コロナウイルスゲノム解析のフローチャート

無償貸与を受けた機器について

国から貸与されている次世代シークエンサーは、ナノポアMK1cという写真にある機器です。非常にコンパクトな機器ですが、1回の解析で最大24検体までゲノム解析を同時に行うことが可能です。当所では、原則として毎週ゲノム解析を行っています。

解析中の次世代シークエンサー（ナノポアMK1c）

次世代シークエンサー（ナノポアMK1c）の内部にはこのようなフローセルが入っています

次世代シークエンサーを無償貸与されたことにより出来ること